La fel ca în cazul Adobe Photoshop, Paint.NET oferă suport pentru mai multe straturi, ceea ce facilitează mutarea și editarea componentelor individuale. Software-ul include o serie de caracteristici care vor fi familiare cu designeri grafici cu experiență, cum ar fi opțiunile de amestecare, nuanță, saturație și opacitate, precum și o funcție de reducere a ochilor roșii. Toate aceste instrumente sunt puse la dispoziție printr-o simplă interfață de utilizator, care este unul dintre punctele majore ale aplicației, întrucât este mai ușor să acționezi decât principalii săi rivali.
Opțiunile de editare a imaginilor Paint.NET vor fi perfect suficiente pentru nevoile majorității utilizatorilor, chiar dacă în trecut au folosit software mai avansat. Cu acest lucru, există anumite limitări, cum ar fi fiabilitatea instrumentelor sale de evitare și de ardere, și poate nu se adresează celor cu cele mai avansate nevoi, precum fotografii profesioniști. Cu toate acestea, Paint.NET este o alternativă gratuită de înaltă calitate la Adobe Photoshop și GIMP, iar suportul pentru plug-in-uri realizate de utilizator înseamnă că caracteristicile sale principale pot fi extinse considerabil.